中学２年の神本宮麗（みやれ）は塾にも通わず常に学年トップの成績を修めていた。だが、幼い頃から霊感が強く、人の心を読み取る術に長けていた宮麗は、周囲から「卑弥呼」と呼ばれ敬遠されてきた。友達もいない。
学年２位の佐藤君は、宮麗がどうしてそんなに勉強ができるのか興味を持ち徐々に心惹かれていく。
神仏に造詣のある宮麗に影響され、学問の神様・文殊菩薩を見に行く約束をする。それからというもの、何かにつけ神社仏閣への「お参り」デートを重ねる２人だが――。
運命と不思議な絆の物語、表題作「心の闇に灯りを点せ」ほか、「家庭教師」「白い蛙」の３篇を収載。